W odcinku "Child of Light" w pewnej scenie możemy zauważyć u Gambita zły dobór kolorów w okolicach jego szyi.
W odcinku "Out of the Past, Part 1" Gambit w pewnej scenie ma zbyt dużo niebieskiego koloru na swoich ubraniach - jest to błąd animatorów, bowiem właśnie w miejscach, gdzie powinien być kolor czarny, pojawił się niebieski.
W odcinku "Night of the Sentinels, Part 2" w pewnej scenie zmieniają się włosy strażnika. Gdy spada na ziemię - są ciemne, gdy łapie go Rogue - są jasne.
W odcinku "Enter Magneto", kiedy profesor Xavier korzysta z Cerebro, kolor jego krawatu zmienia się (z niebieskiego na żółty).
W odcinku "Beauty and the Beast" pomiędzy ujęciami zmienia się kolor płaszcza Bestii (z koloru białego na brązowy).
W odcinku "Mojovision" na ekranie pokazuje się nazwisko Hanka McCoya tylko z błędem: Hank MaCoy. Jest to prawdopodobnie błąd zagranicznych animatorów.
W odcinku "Reunion, Part 1" kolor dinozaura zmienia się z szarego na pomarańczowy.
W odcinku "Reunion, Part 1", kiedy profesor Charles Xavier jest przetrzymywany przez Mister Sinistra, raz ma na sobie rękawiczki, w kolejnym ujęciu ich nie ma.
W odcinku "The Phalanx Covenant, Part 2" w pewnej scenie widać wąsy Forge'a, które znikają w następnym ujęciu.
W odcinku "Weapon X, Lies, & Videotape" w scenie walki Sabretootha i Wolverina, przez pomyłkę twórców odcinka, Sabretooth mówi głosem Wolverine'a i na odwrót. Do dziś nie zostało to poprawione.
W odcinku "Captive Hearts" w pewnej scenie, Gambit ma inny kolor oczu.
W odcinku "Cold Vengeance" Wolverine ma w pewnej scenie żółte ramiona - zupełnie jak jego żółty kostium. Jest to błąd animatorów.
W odcinku "The Phoenix Saga", gdy Juggernaut atakuje Lilandrę, jej strój zmienia się pomiędzy ujęciami.
W odcinku "Obsession" w pewnej scenie Apokalips ma usta w kolorze swojej skóry. W rzeczywistości, Apokalips ma niebieskie usta.
W Polskiej emisji "X-Men: The Animated Series" często zostają pomijane dwa odcinki: "Uwięzione Serca" i "Niech się dzieje co chce".